I upphandlingsprocessen uppstår en rad olika utmaningar som behöver hanteras, t.ex. identifierade risker och osäkerhetsfaktorer och därmed behovet av att balansera dessa mellan RKM och trafikföretegat samt andra kostnadsdrivande faktorer. En god balans beträffande risk- och kostnadsbild mellan RKM och trafikföretaget krävs för att nå en god gemensam affär. Om det förekommer för stora obalanser i detta avseende kommer kontraktet sannolikt inte uppfattas som ett partnerskap utifrån båda parters perspektiv. Genom att i större utsträckning kontraktsmässigt reglera hur vissa situationer (t.ex. okända förutsättningar som klart påverkar trafikföretagens riskbedömningar) faktiskt ska hanteras först när och om sådana uppstår, motverkas irrationell prissättning eftersom trafikföretag kan tvingas att prissätta risker som kanske inte ens kommer inträffa under kontraktstiden.
Om detta inte beaktas i upphandlingsskedet genom fördefinierade ändringsregleringar, finns överhängande risk att kostnaden för kollektivtrafiken fördyras eftersom RKM betalar för riskantaganden som dels kanske inte inträffar, dels för att riskantagandena inte speglar den verkliga kostnaden – om risken faktiskt inträffar.
Att identifiera och balansera dessa i upphandlingsskedet och samtidigt beakta att det görs utifrån såväl ett ansvarsfullt sätt som ett samhälls- och resursekonomiskt perspektiv, är en viktig del i att säkra att offentliga medel används smart och kostnadseffektivt. Det står RKM fritt att balansera och hantera sådana risker. Det viktiga är det finns en adekvat process för att identifiera dessa samt förståelse för hur olika val kan påverka priset för den kollektivtrafik som upphandlas – särskilt eftersom trafikföretag bygger och kalibrerar sina anbud utefter det som framgår av upphandlingsdokumentationen.
Detta påverkas ytterligare och dessutom i stor utsträckning av karaktären på det trafikuppdrag som ska konkurrensutsättas. Exempelvis kommer ett trafikuppdrag som har stora framkomlighetsutmaningar, stark inflyttning och större pågående infrastrukturella byggprojekt av naturliga skäl att innehålla fler okända faktorer och därmed även fler risker jämfört med ett mindre trafikområde med regional landsbygdstrafik som har ett homogent resande. En RKM behöver beakta detta i upphandlingsprocessen. Båda exempel medför i olika utsträckning frågor som aktivt måste hanteras. Den allmänna samhällsutvecklingen i kombination med en snabb teknisk utveckling, särskilt inom miljöteknik, medför även att de flesta upphandlingar – oavsett komplexitet – kräver en praktisk hantering av dessa aspekter, bl.a. för att motverka inlåsningseffekter eller onödiga kostnader under kontraktstiden.